該書開篇有一長篇的研究性導言，考察了澳門大船佔據中日貿易特殊地位的原因，中、日、荷、葡四國商人在日本對外貿易中的競爭，中、日、葡貿易的商品結構，航行和貿易的營運體制，耶穌會士在貿易活動中的特殊作用，澳門 - 日本貿易的有利條件，澳門 - 日本貿易斷絕的原因等。接着以各佔全書一半篇幅的兩部分組成：第一部分為“澳門 - 日本航海史編年”，以編年的形式詳細考述了1555 至1640 年間貿易船隊歷年航行和貿易的情況。第二部分為“澳門 - 日本貿易的說明性文獻”，輯錄了26 份17 世紀的原始文獻，內容涉及加必丹末的職責和權利，澳門 - 長崎航行的往返貨載，澳門 - 日本貿易的運行機制，南中國海域的航行艱難等。 《來自阿媽港的大船：澳門與古代日本貿易编年史（1555-1640）》是葡日貿易史研究的開創之作，其出版開啟了日本 - 歐洲關係史研究的新領域，也標誌着澳門海上貿易史的研究進入了一個新階段。