该书开篇有一长篇的研究性导言，考察了澳门大船占据中日贸易特殊地位的原因，中、日、荷、葡四国商人在日本对外贸易中的竞争，中、日、葡贸易的商品结构，航行和贸易的营运体制，耶稣会士在贸易活动中的特殊作用，澳门 - 日本贸易的有利条件，澳门 - 日本贸易断绝的原因等。接着以各占全书一半篇幅的两部分组成：第一部分为“澳门 - 日本航海史编年”，以编年的形式详细考述了1555 至1640 年间贸易船队历年航行和贸易的情况。第二部分为“澳门 - 日本贸易的说明性文献”，辑录了26 份17 世纪的原始文献，内容涉及加必丹末的职责和权利，澳门 - 长崎航行的往返货载，澳门 - 日本贸易的运行机制，南中国海域的航行艰难等。 《来自阿妈港的大船：澳门与古代日本贸易编年史（1555-1640）》是葡日贸易史研究的开创之作，其出版开启了日本 - 欧洲关系史研究的新领域，也标志着澳门海上贸易史的研究进入了一个新阶段。